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近年来，我国的畜牧业取得了巨大的发展，规模化养殖场越来越多，在满足了人们对肉、蛋、奶等食品需求的同时，也对周围环境造成了日渐严重的污染，并且随着人们环保意识的增强，此问题越发显得突出。因此，采取适当的措施，减少畜禽养殖造成的污染已迫在眉睫。
畜禽生产造成环境污染的因素
恶臭气味
畜禽生产中的恶臭主要来自粪便、饲料发酵和家畜呼吸等，臭气的主要化合物有二氧化碳、氨、硫化氢、甲烷、吲哚、粪臭素(甲基吲哚)以及脂肪族的醛类、硫醇、胺类等。应当指出的是，牛、羊等反刍动物不仅产生大量粪便，而且还产生大量的甲烷等气体污染大气。科学研究和生产实践均已证明，臭气中的氨气、硫化氢和甲烷等，浓度低时可降低畜禽的生产性能，浓度高时可使幼畜中毒死亡，使养殖工作人员健康受损，易患呼吸道疾病。如果粪便排出后不能及时处理会使臭味增加，危害人畜的健康。
氮磷排泄
畜禽粪便中含有大量的氮和磷的化合物，比如，肉子鸡粪便中含食入氮的50%、食入磷的55%；生长猪排出食入氮磷的80%~85%。这不仅造成营养物质的浪费，降低了饲养者的生产效益，而且也给环境造成很大危害。
生物性污染
畜禽疾病种类很多，危害严重的主要有传染病、寄生虫病、营养代谢病和中毒四大类。患传染病、寄生虫病、中毒病畜禽的肉人不能吃。人畜共患疾病，如布鲁氏杆菌病、结核病等，不少人患病就是由于接触牛羊及其排泄物，食用其肉奶所致。对营养代谢病也要注意，如脂肪肝鸡肉的胆固醇含量很高，猪黄脂（膘）病肉质很差，酮病牛所产的奶对人的健康有害。
化学性污染
兽药是畜产品中最常见和最重要的污染源。这里主要介绍抗生素和激素生长促进剂引起的污染。
抗生素的安全性、耐药性以及在畜产品中残留对人类健康的影响是近年来人们关注的焦点。某些药物对人体具有“三致”毒性作用(如氯霉素磺胺类等)和过敏反应(如青霉素类、四环素类、磺胺类等)。抗生素的残留不仅影响畜产品的质量和风味，也被认为是动物细菌耐药性向人类传递的重要途径。而目前，在实际生产中不按规定剂量、范围、配伍和停药期使用抗生素的现象仍然存在。
早年批准在肉牛和水生动物中使用的性激素类促生长剂(如睾酮、孕酮、雌二醇、玉米赤霉醇等)和甲状腺类激素(如T3、T4、碘化酪蛋白)因易在畜产品中残留而危害人类健康，已被各国禁用。
其他矿物质元素污染
畜禽饲料中大量添加铜、锌、铁等矿物质元素，不但直接影响动物健康和畜产品的食用安全，大量排出体外还导致环境污染，破坏土壤质地和微生物结构，影响作物产量和养分含量。
污水对环境的污染
现在，以规模化猪场和奶牛场产生的污水数量最多。据统计，规模化养猪场每生产一头肥猪约产生4吨污水，一个年出栏一万头的肥猪生产线，每天清洁地面、冲洗粪沟及猪饮水时浪费而产生的污水总量为100立方米~150立方米，COD平均为1500毫克/升，BOD5每升达1200毫克~1300毫克，总氮量接近1100毫克/升，总磷量约为440毫克/升；猪场污水中可检测出的病菌主要有：致病性肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、沙门杆菌、结核菌、布氏杆菌和猪丹毒等。