孵化场可以使用的通风系统有多种，养殖户还需根据自己的实际养殖情况和经济能力进行选择合理的通风系统。
通风换气系统的设计和安装不仅要考虑为室内提供新鲜空气和排出二氧化碳、硫化氢及其他有害气体，同时还要把温度和湿度协调好，不能顾此失彼。因各室的情况不同，最好各室单独通风，将废气排出室外。至少孵化室与出雏室应各设一套单独通风系统，温、湿度及通风的相关技术参数。为减少空气污染，出雏室的废气排出之前，应先通过带有消毒剂的水箱后再排出室外。否则带菌的绒毛污染空气散布孵化车间和其他各处，造成大面积的严重污染。据试验，通过有消毒液的水箱过滤后，可消灭气体中99%的病原微生物，大幅度提高空气的纯洁度，进而提高孵化率和雏禽品质。