孵化过程中所用的器具必须在使用后进行彻底清洗，以防影响下次使用。具体做法如下：
1、使用过的种蛋盘、孵化盘应及时清理冲刷，做到无任何残留物之后进行消毒，消毒常用0.1%～0.2%次氯酸钠溶液浸泡1小时以上，之后用自来水冲洗晾干备用。
2、出雏盘架、蛋架车等应先用自来水冲刷干净，再按30毫升/米3的福尔马林，21克高锰酸钾熏蒸消毒0.5小时。
3、孵化器及出雏器使用后，取出孵化盘、出雏盘等用具，应先用清水冲洗干净，再用新洁尔灭擦洗孵化器内表面(尤其应注意机顶的清洁)，然后按每平方米30 毫升的福尔马林、21克高锰酸钾，在温度24℃、湿度75%以上的条件下，密闭熏蒸1小时，然后打开机门和进出气孔通风1小时左右，驱除甲醛蒸汽。