在孵化过程中孵化器中的气体对种蛋的孵化影响也是非常大的，管理人员需控制好孵化器中的空气流通，减少孵化器中有害气体的产生。下面是常见有害气体对种蛋孵化率的影响。
孵化器内二氧化碳和氧气对种蛋孵化率的影响
1、孵化器内氧气含量对孵化率的影响
在孵化过程中，孵化器内氧气含量为21%时，则每降低1%，孵化率下降5%，氧气含量在30～50%范围内每增加1%，孵化率下降1%左右。
2、孵化器内二氧化碳对孵化率的影响
二氧化碳含量高低对多孵化率有很大影响，据测定，二氧化碳含量在0.5～4.0%范围内(孵化温度37.7℃，相对湿度60%，氧21%)，随着二氧化碳含量的增加，孵化率成正比例下降。当二氧化碳含量超过1%时，每增加1%，孵化率下降15%。