孵化室的环境卫生是非常重要的，如果环境不好会直接降低雏鸡出壳率。尤其是在消毒这方面最重要。
孵化室每天用消毒药液喷洒地面一次，每次出鸡前对孵化室四壁、棚顶、孵化器、出雏器外壳及顶部用0.3%百毒杀进行一次喷雾消毒。
装雏盘、箱每次使用前用熏蒸消毒法消毒。工作人员讲究个人卫生，室内必须穿戴工作服，出入更换，脚踏消毒池;孵化室每出完一批雏必须将室内所有器具进行彻底冲洗、药液浸泡、擦拭干净，干燥后熏蒸消毒;每次入孵、照蛋、落盘、扫盘后遗留下来的蛋壳、破损蛋、蛋内容物要尽快清除并无害化处理。孵化室谢绝参观。